⇒ミシロタウン
1.ゲームを再スタートするとイベント。特別シナリオエピソード デルタが開始する。
2.自宅２階から降りて１階に行くとイベント。父親からペアチケットをもらう。
3.自宅から出た所でヒガナと会話。
4.自宅の隣にあるハルカ/ユウキの家に行く。ハルカ/ユウキと会話。
5.一旦自宅に戻り、再び自宅から出るとイベント。101番道路に移動する。

⇒101番道路
1.キノココに襲われているオダマキ博士を助けるため、チコリータ、ヒノアラシ、ワニノコから１匹を選ぶ。思ったより大人しいキノココだったためバトルにはならないが、選んだポケモンはそのままもらえる。
2.トウカシティに行く。

⇒トウカシティ
1.街の北西のミツルの家の前に行くとイベント。マグマ団幹部カガリ/アクア団幹部ウシオとバトルになる。
2.バトル後、ポケモンマルチナビでダイゴと会話。カナズミシティに行く。

⇒カナズミシティ
1.街の北西にあるデボンコーポレーションに行き、ビル前でダイゴと会話。
2.ビル内に入り、ツワブキ社長から話を聞く。社長の依頼を引き受け、石の洞窟に行く。

⇒石の洞窟
1.壁画がある部屋でヒガナとバトル。バトル後、いんせきのかけらをもらう。
2.ポケモンマルチナビでダイゴと会話。トクサネシティに行く。

⇒トクサネシティ
1.街の東にあるトクサネ宇宙センターに行く。
2.１階右奥の階段前に立っている女性に話しかけて２階に上がる。ソライシ博士にいんせきのかけらを渡して話を聞く。後から現れたヒガナの質問に答える。
3.ダイゴたちと会話後、流星の滝に行く。

⇒流星の滝
1.秘伝技「なみのり」と「たきのぼり」を使って滝の上流に上がり、洞窟入口から奥に進む。
2.洞窟の奥でダイゴと会話。流星の民の末裔から話を聞く。
3.★流星の民がいる場所から段差を南に降りて行く途中でプテラナイトを拾う。
4.流星の滝を出てカナズミシティに行く。

⇒カナズミシティ
1.デボンコーポレーションのビルに入ろうとするとイベント。マグマ団/アクア団のしたっぱ３人と連続バトルになる。
2.デボン社員から話を聞いた後、トクサネシティに行く。

⇒トクサネシティ
1.街の東側に行くとイベント。マグマ団/アクア団を追ってトクサネ宇宙センターに行く。
2.１階右奥の階段前でマグマ団/アクア団のしたっぱたちとバトル。
3.２階に上がりマグマ団幹部カガリ/アクア団幹部ウシオの話を聞く。ダイゴとタッグを組んでカガリ/ウシオとしたっぱとタッグバトルになる。カガリ/ウシオはバクーダ/サメハダーをメガシンカさせてくる。
4.バトル後、ヒガナの質問に答える。会話後、マグマ団アジト/アクア団アジトに行く。

1.マグマ団/アクア団のしたっぱを倒しながら進み、マツブサ/アオギリの部屋まで行く。
2.ヒガナと会話後、マツブサ/アオギリからバクーダナイト（OR版）/サメハダナイト（AS版）をもらう。
3.ポケモンマルチナビでダイゴと会話後、トクサネシティに行く。

⇒トクサネシティ
1.トクサネ宇宙センター２階に行く。ダイゴと会話後、ルネシティに行く。

⇒ルネシティ
1.街の北にある大木の下でミクリと会話。131番水道に行く。

⇒131番水道
1.水道を「なみのり」で北に進み、131番水道の北側にある小さな島に上陸する。
2.洞窟入口前に立っているミクリと会話後、ミクリとバトル。
3.バトル後、洞窟を抜けて進み、空の柱に行く。

⇒空の柱
1.ヒガナの話を聞きながら塔の最上階まで上がる。
2.最上階でヒガナの質問に答える。イベント後、レックウザ（Lv70）とバトルになる。レックウザは倒してしまったりバトルから逃げてもすぐにその場で復活し、捕獲するまで何度でも再戦できる。
3.レックウザ捕獲後、レックウザを手持ちに入れる。手持ちがいっぱいの時は、ポケモン１匹をボックスに送って空きを作ることができる。
4.ヒガナからレックウザに技「ガリョウテンセイ」を教えてもらった後、ヒガナとバトル。このバトルではレックウザをメガレックウザにメガシンカさせて戦うことができる。また、ヒガナはボーマンダをメガボーマンダにメガシンカさせてくる。
5.バトル後、メガレックウザに乗って宇宙に行き、破壊した隕石の中から出てきたデオキシス（Lv80）とバトル。このバトルではレックウザは最初からメガレックウザにメガシンカしている。レックウザ戦からデオキシス戦までは連戦でレポートできないので、ここでデオキシスを捕獲したい場合は事前に十分に準備をしておく必要がある。デオキシスは倒してしまったりバトルから逃げた場合、ポケモンリーグで殿堂入りすると復活するので、捕獲するのは後回しにしてもよい。
6.バトル後、空の柱に戻って来る。エピソード デルタのエンディング後、ミシロタウンに戻る。